Fratele acestuia, Sebastian, a avut un accident cand avea patru ani din cauza caruia a ramas paralizat si a murit opt ani mai tarziu.
Juan Toja a parasit Columbia la 22 de ani pentru a cauta un viitor mai bun la FC Dallas, in Major Soccer League. A lasat-o in urma pe mama sa, Marta Vega, de care era foarte apropiat, si o tragedie despre care nu a mai vrut sa vorbeasca. „A mai avut un frate, Sebastian, mai mic cu un an. Amandoi au fost indragostiti de fotbal inca de la inceput. Au invatat sa mearga in spatele unei mingi. La doar patru ani a cazut intr-o piscina in care nu era apa si a suferit o leziune cerebrala in urma careia a ramas paralizat. S-a chinuit timp de opt ani, iar apoi a murit. Este o tragedie despre care imi este foarte greu sa vorbesc”, a povestit la cativa ani dupa tragedie mama fotbalistului, Marta Vega, in presa din America de Sud. „Mi-a fost foarte greu, cu Sebastian imparteam totul. Mi-a ramas un gol in inima. Inca de atunci, chiar daca eram mic, mi-am facut un scop din a-mi proteja mama. Am facut tot ce mi-a stat in putinta pentru a o ajuta sa treaca peste acele momente foarte dificile”, a spus si Juan Toja.